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System requirement and dependencies
Linux (required)
Perl version 5.10.0 or higher (required). Perl was installed by default on most Linux systems
BioPerl version 1.006 or higher (required). Please check http://www.bioperl.org and wiki/Installing_BioPerl for more details on installation of BioPerl.
HMMER3 (required). Provided in iTAK.
2.0 GB free disk space for installation.
total 55880 -rw-r--r--. 1 7334 Oct 7 2010 TF_Rule -rw-r--r--. 1 797009 Oct 7 2010 SBHMM_3 -rw-r--r--. 1 13941209 Oct 7 2010 PlantsPHMM3_89.hmm.h3p -rw-r--r--. 1 11881025 Oct 7 2010 PlantsPHMM3_89.hmm.h3m -rw-r--r--. 1 5631 Oct 7 2010 PlantsPHMM3_89.hmm.h3i -rw-r--r--. 1 1822273 Oct 7 2010 PlantsPHMM3_89.hmm.h3f -rw-r--r--. 1 28544873 Oct 7 2010 PlantsPHMM3_89.hmm -rw-r--r--. 1 3692 Oct 7 2010 PK_class_desc drwxr-xr-x. 2 4096 Oct 7 2010 mak_hmm_domain -rw-r--r--. 1 192882 Oct 7 2010 GA_table drwxr-xr-x. 2 4096 Dec 6 2010 wnk1_hmm_domain -rw-r--r--. 1 2429 Dec 14 2010 TF_family -rw-r--r--. 1 1010189536 Oct 13 2010 TFHMM_3.hmm -rw-r--r--. 1 846852 Oct 13 2010 TFHMM_3.hmm.h3i -rw-r--r--. 1 67206106 Oct 13 2010 TFHMM_3.hmm.h3f -rw-r--r--. 1 419719922 Oct 13 2010 TFHMM_3.hmm.h3m -rw-r--r--. 1 494049291 Oct 13 2010 TFHMM_3.hmm.h3p